Il existe un monde parallèle et virtuel au nôtre : Lyokô. A l'origine, cet univers à été conçu comme un paradis numérique par Frantz Hopper... Ces derniers temps, Lyokô est menacé: XANA, l'ordinateur chargé de régenter l'existence de ce monde, à pris son indépendance de manière inconnue. On peut supposer qu'il aie été infecté par un virus peu commun et/ou que ce soit par le fait que son créateur aie disparu mystérieusement... Depuis, cet hyper-calculateur veut prendre le contrôle de la terre par la destruction. Pour cela, il infecte des tours mémorielles dans les quatres territoires de Lyokô. Mais Aëlita, une jeune créature humanoïde virtuelle, s'oppose à XANA. Depuis sa création, elle était toute seule, mais un jour elle a trouvé de l'aide : Sur terre, une bande de quatre collégiens est au courant de l'existence de Lyokô et des intentions néfastes de XANA. Ce sont Yumi, Ulrich, Odd et Jérémie. Ils mènent une double vie dans le plus grand secret : ils sont de simples collégiens la plupart du temps et sauveurs des mondes quand XANA lance une attaque. Ils doivent garder leurs secrets car si les autorités venaient à apprendre la menace que représente XANA, Lyokô serait immédiatement détruit et Aëlita disparaîtrait a jamais. Pour nos héros, il n'en est pas question. Entre eux et Aëlita, c'est une grande histoire d'amitié, et l'équipe compte sur le travail de Jérémie pour pouvoir matérialiser la jeune humanoïde. Nos quatres héros ordinaires ont trouvé un passage vers cet univers virtuel : Dans une ancienne usine désaffectée, ils doivent s'y rendre afin d'aller dans Lyokô et combattre les monstres virtuels de XANA pour protéger Aëlita et l'aider à désactiver les tours infectées. Jérémie ne s'est rendu qu'une fois sur Lyokô, et c'était pour pour sauver ses amis pris au piège par XANA: Mais la plupart du temps, il est l'opérateur chargé de virtualiser ses amis dans Lyokô. (Au 1er sous-sol.) Il peut réaliser cette opération grâce à 3 scanners, des analyseurs tubulaires situées au 2ème sous-sol, et de l'ordinateur géant (XANA) dans le 3ème sous-sol du laboratoire de l'usine. Il veille toujours sur eux et les guides chaque fois qu'ils vont sur Lyokô. Ulrich, Yumi, Odd et Jérémie sauront-ils à sauver la Terre ainsi qu'Aëlita ? Arriveront-ils à désactiver XANA sans risquer la vie de leur amie ?